Sinds 2002 stelt Waag Society tijdens de Museumnacht (n8) begin november de deuren open voor het publiek.

Tijdens de Museumnachten wordt een speciale installatie gemaakt in het Theatrum Anatomicum.  

We geven hier een kort overzicht van wat er sinds 2002 georganiseerd werd. Tijdens de Museumnachten bezoeken rond de 1500 mensen de Waag.

2007
In 2007 pakte de Waag het weer groots aan: zelf DJ/VJ-en aan de ScratchWorx machine of een cocktailstamper ontwerpen in het FabLab. Wie het even niet allemaal zelf wilde doen, liet een drankje mixen door het team van NixMixMee. De muziek werd verzorgd door een team van Waag-dj's Sterrin & Andrew.

2006 
Het Theatrum Anatomicum werd in 2006 gevuld door de wodka mixende robot en DJ-machine van Richard Trevors, de Coolingshow. Tegelijkertijd deed Radio Rietveld live verslag met interviews en reportages.

Verder aan de wand een greep uit de projecten van Waag Society en de reproductie van Rembrandt's 'Anatomische Les van dr. Tulp'. 

2005
Tijdens deze Museumnacht werd het n8spel gespeeld, een speciaal spel met mobiele telefoons.

Bedoeling van het spel was al lopend door de stad een 8 te tekenen op de kaart van Amsterdam.

Waag Society ontwikkelde het n8spel met medewerking van KPN als vervolg op Frequentie 1550, een geschiedenisspel voor de middelbare school waarbij leerlingen zichzelf op de middeleeuwse kaart van de stad zagen lopen. Behalve het n8spel werden er andere computergames gespeeld in de Waag.

2004
In samenwerking met het Museum Vrolik presenteerde Waag Society op de Museumnacht op zaterdag 6 november 2004 het Anatomisch Rariteitenkabinet. Bezoekers konden in het Theatrum Anatomicum hun anatomische rariteiten vastleggen en die laten opnemen in de rariteitengalerij. Ze konden ze ook uitprinten en ermee aan de slag gaan op de Animatietafel, een project van MIEG en Waag Society.

Bijzonder aan deze avond was dat Museum Vrolik, dat beschikt over Nederlands grootste verzameling preparaten, een ruime greep uit de collectie deed om het Theatrum in haar oude luister te herstellen.

2003
In 2003 was er een bijzondere expositie in the Theatrum Anatomicum van affiches, toegangskaarten en andere objecten uit de dance scene in Amsterdam. 

2002
In dit jaar nam Waag Society voor het eerst deel. Dit was tevens de première van het Creative Learning Lab. Bij binnenkomst op de eerste verdieping konden bezoekers in de beslotenheid van een kleedhokje een deel van hun eigen lichaam inscannen met de Scanbox. Met dit door Waag Society ontworpen apparaat kunnen scans met één druk op de knop worden gemaakt en opgeslagen. In het Theatrum Anatomicum troffen de bezoekers hun beeltenis in stukken aan, geprojecteerd in een installatie van Joep van Lieshout. Door op sensormatten aan weerszijden van de installatie te dansen, konden de bezoekers hun eigen beeltenis weer in elkaar 'puzzelen'. Overige projecties in de installatie refereerden aan de geschiedenis van het Theatrum.