Vrijdag 17 november zochten we eindelijk uit of de Open PCR die we eerder in elkaar hebben gezet ook werkelijke dienst zou doen. Er is weer een bijeenkomst van DIY biologen, kunstenaars en geïnteresseerden in het Waag gebouw waar zich ook het Fablab van Amsterdam bevindt.
Op het programma staan het werken met de PCR machine en het bouwen van een transilluminator om electrophorese zichtbaar te maken (dat is de beweging van DNA door een medium dat onder stroom staat). Er zijn leerzame onderbrekingen door een live verbinding met het BioTechna lab van Kapelica Gallery in Ljubljana waar DIY bioloog Marc Dusseiller van Hackteria een demonstratie geeft over hoe in 15 minuten een electrophorese unit te bouwen en er is een film van Paul Vanouse die in de Rocky Mountains, Canada het PCR proces demonstreert, gebruik makend van emmers water en knapperend kampvuurtje: ‘Deep Woods PCR’.
PCR
PCR staat voor Polymerase Chain Reaction en is een proces dat begin jaren ’90 is ontdekt en goed bleek voor een Nobelprijs in 1993. Het is sleuteltechnologie voor ondermeer genetische diagnostiek en vertegenwoordigd een tak van sport goed voor een omzet van meerdere miljarden. Door herhaalde opwarming en afkoeling in een medium met DNA en polymerase, ritst het oorspronkelijke dubbelstrengs DNA zich los en kopieert en vermeerdert zich met behulp van de polymerase. Primers – dat zijn kleine stukjes DNA molecuul die aangeven van waar tot waar een groter fragment van het te onderzoeken DNA molecuul moet worden geknipt – maken dat het juiste DNA fragment van een molecuul vermenigvuldigt. Vanouses Deep Woods PCR is een commentaar op PCR techniek als uitvinding, door de industrie als zodanig gepatenteerd terwijl het proces in de wetenschap al lang werd gebruikt.
Transilluminator en Open PCR
De open hardware transilluminator kit die we kochten van IO Rodeo blijkt voorspoedig te kunnen worden gemaakt, al was het even zoeken naar de handleiding – die zat niet in het pakket maar bleek uitsluitend op www.instructables.com voorhanden. Parallel het PCR gebeuren. Het kalibreren van de machine ging goed en met een PCR demonstratiekit konden monsters worden gemaakt die in de machine het vermenigvuldigingsproces konden ondergaan: opwarmen en afkoelen en opwarmen en afkoelen. Via een klok op een aangesloten PC was zichtbaar hoe lang het proces nog in beslag nam.
Zichtbaar DNA
Intussen werd agar agar uit de biowinkel gemaakt met warm water in bakjes met vloeistof die uit eindelijk onder stroom konden worden gezet, eerst met huishoudbatterijen, daarna met een voeding uit het Fablab. Dat proces maakt dat het vermenigvuldigde DNA door de agar agar gel naar een van de elektrische polen kruipt en daarmee zichtbaar wordt. Maar… daar ging het mis! En we weten niet heel goed waar het aan lag! De klemmetjes die elektrisch contact maakten met het water bruisten als Aspro’s en maakten van het water een soep die snel het zicht op het gekleurde DNA zou ontnemen, laat staan dat het DNA zich bewoog. Teleurstelling, consternatie en discussie volgden: geen goede verhouding voltage – ampèrage, geen juiste verhouding soda water voor de conductievloeistof.
Labyrint radio
Elektrotechniek is geen biotech. Elke mislukking is kennis, ook als het DIY is, nee meer nog DIY is de enige manier om kennis te vergaren. Voor mij persoonlijk echter maakte de mislukking de avond echte tot een succes. Anders was het een demonstratie geweest waarna is opgeruimd had en naar huis was gegaan. Nu niet, we hadden echt wel heel wat gedaan en in heel wat vloeistoffen gezeten waarvan ik maar half weet wat ze zijn en doen. Labyrint radio was erbij en deed verslag van de middag.
