Jaarlijks stelt Waag tijdens de Museumnacht begin november de deuren van de Waag open voor het publiek. Tijdens de museumnachten wordt een speciale installatie gemaakt in of rond de Waag. Hieronder een kort overzicht van wat er in de loop van de jaren werd georganiseerd.

In 2018 was er geen programma in de Waag tijdens Museumnacht.

2017
Tijdens Museumnacht 2017 toverde Waag de Nieuwmarkt om in een futuristische speelhal voor de kritische makers en denkers. Er was genoeg reden tot Het Grote Maakfestijn want Fablab Amsterdam, de huiskamer en werkplaats voor digitale fabricage, bestond 10 jaar!

2016
In deze editie openden we de Do-It-Yourself Healthcare Clinic. Hack jezelf fitter, mooier én socialer. Wij hielpen je op weg in de wondere wereld van DIY-healthcare.

2015
Dit jaar openden we een Late Night Pet Shop in het Theatrum Anatomicum, waar je je microben kon kopen. Ze laten zich misschien minder makkelijk knuffelen, maar verder doen ze weinig onder voor het grotere huisdier.

2014
We organiseerden dit jaar in het verlengde van het 'Hack the Brain' event 'Brainwaves' in de Waag. Je kon de fascinerende wereld van het brein ontdekken en meedoen aan het experiment: het manipuleren van de hersengolven van een ander. Je kon zien hoe de proefpersonen reageerden op verschillende prikkels, emoties en situaties.

2013
Tijdens deze Museumnacht maakte je kennis met de Timebank die tijdelijk in de Waag was gehuisvest: de bank waarbij kennis en vaardigheden worden verhandeld met tijd (Hournotes) als ruilmiddel in plaats van geld. Op onze markt in het Theatrum was van alles te koop met tijd, onze tijd, die bezoekers konden verdienen door zich in te schrijven of mee te werken aan een kunstwerk.

2012
Voor deze editie haalden we de Summit Of Cheap Laser Graphics naar Nederland. Het initiatief verzamelde eerder in de Balkan en Berlijn een groep jonge kunstenaars om hun werk beschikbaar te maken voor iedereen. Speciaal voor de Museumnacht veranderden wij samen De Waag in een grafische fabriek met meer dan 100 kunstwerken van (inter)nationale designers, vormgevers en illustratoren.

2011
Tijdens deze Museumnacht kon het publiek in het Theatrum Anatomicum een digitale meesterproef behalen in Augmented Anatomy. Op de eerste etage toonde het Fablab het moderne gilde, kon de game Wordfeud tegen de borduurmachine worden gespeeld en was het mogelijk met analoge middelen digitale muziek te produceren.

2010
Deze Museumnacht stond met de Waag Lab Experience in het teken van het experiment: prototypes als een 3D-datavisualisatie, Green Screen en de colour-to-sound installatie en op de tweede verdieping het Theatrum Anatomicum in het donker.

2009
In 2009 werd op 7 november het Open Design Museum ingericht, waarbij de tentoongestelde designs konden worden hergebruikt en nagemaakt met behulp van de digitale machines van het Fablab.

2008
Tijdens de editie van 2008 kon er virtueel worden geopereerd in een 3D-omgeving (Vrest), werd er verteld over het Theatrum Anatomicum in de 17/18e eeuw door Reno Raaijmakers en werd er een glaasje 'Sterk Water' voor de dorstigen geserveerd aan de speciale bar. Deze editie trok meer dan 2.600 bezoekers, een record!

2007
In 2007 was het parool: zelf DJ/VJ-en aan de ScratchWorx machine of een cocktailstamper ontwerpen in het mobiele Fablab. Wie het even niet zelf wilde doen, liet een drankje mixen door het team van NixMixMee.

2006 
Het Theatrum Anatomicum werd gevuld door de wodka mixende robot en DJ-machine van Richard Trevors, de Coolingshow. Tegelijkertijd deed Radio Rietveld live verslag met interviews en reportages.

2005
Tijdens deze Museumnacht werd het n8spel gespeeld, een speciaal spel met mobiele telefoons. Bedoeling van het spel was al lopend door de stad een 8 te tekenen op de kaart van Amsterdam. Naast het locatieve pel werden er andere computergames gespeeld in de Waag.

2004
In samenwerking met het Museum Vrolik presenteerde Waag in 2004 het Anatomisch Rariteitenkabinet. Bezoekers konden in het Theatrum Anatomicum hun anatomische rariteiten vastleggen en die laten opnemen in de rariteitengalerij. Ze konden ze ook uitprinten en ermee aan de slag gaan op de Animatietafel, een project van MIEG en Waag.

2003
In 2003 was er een bijzondere expositie in the Theatrum Anatomicum van affiches, toegangskaarten en andere objecten uit de dance scene in Amsterdam. 

2002
In dit jaar nam Waag voor het eerst deel. Bij binnenkomst op de eerste verdieping konden bezoekers in de beslotenheid van een kleedhokje een deel van hun eigen lichaam inscannen met de Scanbox. Met dit door Waag ontworpen apparaat kunnen scans met één druk op de knop worden gemaakt en opgeslagen.